根据规定的代扣代缴税款，税务机关按不超过代扣税款的2%支付手续费，且支付给单个扣缴义务人年度最高限额70万元，超过限额部分不予支付。对于法律、行政法规明确规定手续费比例的，按照规定比例执行。
例：甲企业(一般纳税人)申请并收到税务局返还的个人所得税手续费10000元应如何纳税呢：
一、增值税及附加三税
由于甲企业支付了员工工资，所以甲企业是个人所得税的扣缴义务人，取得的手续费属于增值税征收范围，应按商务辅助服务-经纪代理服务征收增值税(6%)。
应缴纳增值税=10000/(1+6%)*6%=566.04元
附加三税=566.04*(7%+3%+2%)=67.92元
二、企业所得税
1、 甲企业取得手续费收入与日常活动相关，需要申报收入10000/(1+6%)=9433.96元，甲企业将手续费收入用于提升办税能力、奖励办税人员，需支付工资费用为9433.96-67.92=9366.04元，支付的税金及附加67.92元，那么应纳税所得额等于零，应缴纳的企业所得税为零。
2、如果不奖励办税人员或者也没有其他支出(这个支出在汇算清缴中不需纳税调增)就需要交纳企业所得税。
三、个人所得税
甲企业 将取得的扣缴手续费收入奖励给员工应作为工资支出，根据个人所得税法规定：免个人所得税，在个税申报中作为免税收入处理。那么员工收到奖励费用9366.04元，应缴纳的个人所得税是零。
四、会计核算处理分录
1、收到时
借：银行存款 10000
贷：其他收益 9433.96
应交税费---应交增值税(销项税额)566.04
2、计提附加三税
借：税金及附加 67.92
贷：应交税费-----城市维护建设税 39.62
------教育费附加 16.98
------地方教育费附加 11.32
3、 财务计算工资并申报个税 (作为免税工资收入处理)
借：管理费用 9366.04
贷：应付职工薪酬 9366.04
借：应付职工薪酬 9366.04
贷： 其他应付款 9366.04
4、公司批准实际支付时：
借：其他应付款9366.04
贷： 银行存款 9366.04
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