软件企业与其他企业相比，有税收负担偏重的特点，这是由于软件产品多为高附加值产品，增值率可达60%以上。对软件产品课征增值税，并且软件企业一般进项较少，可抵扣的部分更少，使得软件企业承受了较高的税负。
一、当前我国软件企业合理纳税中存在的问题
1.由于受制于部分软件企业自身管理水平，部分软件开发企业在投资时过于关注眼前利益，忽略了对企业长期发展利益的重视，在经营过程中，管理者不注重经营方式，不加筹划和研究，不重视对纳税的合理回避，这些都会在一定程度上导致软件企业纳税负担过重，影响企业的未来长期发展，约束盈利能力提升。
2.软件企业税收筹划的成本比较高，企业在税收筹划中需要设置必要的部门或机构来进行此项工作，在这个程序中依旧会加大运营成本，尤其是依靠税务机构进行筹划，企业往往需要花费比较高的咨询费用，在这种程度上来讲，合理避税效率比较低，难以实现降低纳税负担的作用。
二、软件行业税收优惠及税收筹划思路分析
1.明确公司的税收性质，一般纳税人？小规模纳税人？
软件销售及技术服务技术服务类的征收税率3%（小规模纳税人）6%（一般纳税人）软件产品13%
2.技术开发费的增值税怎么控制?
这一块是相对容易控制的，只需要将技术开发合同拿到当地的科技局备案即可，但必须注意：其中的知识产权必须是对方所有或者双方共享，如果是你的知识产权是不能免税的。同样如果你免税了，那么你开出的增值税专票对方也是无法抵扣的。
3.软件产品增值税如何减免?
软件产品销售，征税税率3%（小规模）13%（一般纳税人），小规模3%这个是逃不掉的，但是你如果软件销售达到500万（1年内）会强制你变为一般纳税人，那时候13%的税率压力就会比较大，因此建议你这之前就做好软件产品认证。快的话1个月搞定，拿到这个证书后即便是一般纳税人也可以享受3%的增值率（超过3%的部分即征即退）。
4.研发费用加计扣除是什么?
这是能帮企业省所得税，例如，一个公司一年的研发费用是100万，做了研发费用加计扣除后，研发费用就可以按照150万来计算。就等于说多了50万的成本，自然利润就少，所得税就了。
5.最后来说企业所得税
除了上面说的研发费用加计扣除，其实我们都知道软件企业哪来多少成本，无非就是人员成本，那么如果这样，你年底的所得税就会很可怕了。净利润的25%，这种情况下，可以在有税收优惠的地区注册一家个人独资企业，不需要缴纳企业所得税，个人所得税进行核定征收，完美解决成本问题，比如我们园区就是增值税企业所得按照地方留存的30%-70%返还，个人独资企业核定征收后税率0.5%-2.19%，一站式服务平台，不需要实地办公或者改变现有的经营模式，非常适合外地企业。
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